三证合一公司注销的程序是：

1、成立清算组，清算组应当自成立之日起十日内通知债权人，并于六十日内在报纸上公告;

2、公司清算结束后，清算组应当制作清算报告;

3、公司申请注销登记，登报公告;

4、经公司登记机关注销登记公告后，公告公司终止。

【法律依据】

根据《公司法》第一百八十八条，公司清算结束后，清算组应当制作清算报告，报股东会、股东大会或者人民法院确认，并报送公司登记机关，申请注销公司登记，公告公司终止。