城镇医保和新农合报销上的主要区别在报销范围和报销比例，前者比后者更有优势，其中城镇医保报销比例在60%-70%之间，新农合报销比例在50%左右，不过，起付线新农合较低。

另外，城镇医保一般针对没有工作或在职没有参保职工医保的人，而新农合则针对农村户口投保。